王金南说，征收环境税对燃煤发电、钢铁、有色金属、建材等行业的税负可能相对较重，其产业的竞争力受到一定影响；在一定程度上将使工业制成品、能源、原材料价格上升，也会影响到消费品价格。

中国石油化学工业联合会环保部门相关负责人接受记者采访时称，环境税征收最好不要“一刀切”，应针对污染物的污染程度、治理难度确定不同的税率；为了减少石化产业经营压力，尤其是缓解炼油企业亏损问题，建议未来在加征环境税的同时，减征增值税。

围绕企业税负，由全国人大、全国政协、国务院等下属17个部门参与的《中国环境宏观战略研究》丛书提出，就窄口径的环境税而言，环境税的税收优惠政策设计“将督促纳税人将一部分返还资金专门用于削减污染物排放量”。

但一些环保专家对此提出质疑，过去排污费返还给排污企业时，是在企业采取防治污染措施后，而非在措施达到排污标准的效果后，因此一些企业并没有将返还金“用在刀刃上”。